Haydarpaşa Lisesinde okurken; Kadıköy Halk Evi caz orkestrasında klarnet çalmaya ve konserler vermeye başladı. Haydarpaşa Lisesinden mezun oldu. Fakülte yıllarında öğretmenlik ve müzisyenlik yapmaya devam etti. İstanbul Üniversitesi, Kimya Bölümünden mezun olduktan sonra 1944'de ABD'ye giderek kimya ve müzik eğitimi aldı. 1952'de İstanbul Operası'na giren ve bas-bariton olarak “Tosca” operasıyla başrole çıkan Saner, İstanbul Radyosu'nda “Melodi Kervanı” adlı programı hazırladı. Saner, “Caz Topluluğu” adıyla bir ekip oluşturdu ve 1956 yılında fon müzikleri hazırlayarak sinemaya girdi. Aynı yıl kendi adına film şirketi kurup yapımcılığa, 1958 yılında ise yönetmenliğe başladı. 1958 yılında yapımcılığı ve yönetmenliğini yaptığı "Sevmek Günah Mı" isimli filmden sonra 72 film yönetti. Ayşecik tipini yaratarak sinemaya kazandırdı. Sadri ALIŞIK'ın başrolünde oynadığı “Turist Ömer” dizisiyle büyük ün yaptı. Turist Ömer karakterinin doğuşu Sadri Alışık'ın asker arkadaşı Ahmet Güzelce'nin verdiği Eğri selamdan esinlenerek yaratılmış ve rejisör Hulki Saner tarafından ortaya çıkartılmıştır. Emel SAYIN, Erol BÜYÜKBURÇ gibi şarkıcıların başrol oynadığı filmlere de yönetmen olarak imza Atan Saner, bir süre plak yapımcılığı ve besteler yaptı, şarkı sözü yazdı. 1990'lı yıllarda TV dizileri için müzik hazırlayan Saner, SESAM'ın başkanlığı görevini de icra etti. Sevmek Günah mı?, Taş Bebek, Bir Demet Yasemen, Ayşecik, Turist Ömer, Cibali Karakolu, Bir Damat Aranıyor, Avare Aşık, Kavanoz Dipli Dünya, Damdaki Kemancı, Gülüzar, Çam Sakızı, Aptal Şampiyon, Yeşil Yeşil, Hababam Taburu, Hulki Saner’in yönettiği bazı filmlerdir. Daha önce felç geçiren ve solunum yetmezliği olan Saner, 84 yaşında hayata gözlerini yumdu.
